سیستم خنک کاری دیزل ژنراتور نقشی حیاتی در حفظ عملکرد بهینه و افزایش طول عمر موتور دارد، زیرا گرمای تولید شده ناشی از احتراق را دفع می‌کند. این سیستم معمولاً از یک رادیاتور , یک پمپ آب که مایع خنک کننده (معمولاً آب و ضد یخ) را به گردش در می‌آورد و یک فن بزرگ برای دمیدن هوا از روی رادیاتور تشکیل شده است. مایع خنک کننده گرمای جذب شده از بلوک موتور و سرسیلندر را به رادیاتور منتقل می‌کند، جایی که توسط جریان هوا خنک می‌شود و سپس دوباره به موتور بازمی‌گردد. نگهداری صحیح از این سیستم، شامل بررسی سطح مایع خنک کننده، اطمینان از عملکرد صحیح ترموستات و پمپ، و تمیز نگه داشتن پره‌های رادیاتور، برای جلوگیری از گرمای بیش از حد موتور و آسیب‌های پرهزینه ناشی از آن، کاملاً ضروری است.